Während der Behandlung liegt der Klient/die Klientin bequem bekleidet auf einer dicken Matte am Boden. Je nach Befund ändert sich der Behandlungsablauf, es wird in Rücken-, Seiten- und/oder Bauchlage behandelt. Die Arbeit verläuft ruhig und entspannt. In der Regel wird der ganze Körper in die Behandlung einbezogen. Der ausgeübte Druck geschieht durch "Anlehnen" aus der Körpermitte der Therapeutin und nicht durch Muskelkraft. Dadurch können sich Spannungen lösen. Es entsteht ein harmonisches, zufriedenes und gelöstes Gefühl. Eine Behandlung dauert rund eine Stunde.
Shiatsu ist eine meditative Arbeit, geprägt vom Rhythmus und vom "In-sich-Hineinhorchen". Während der Behandlung wird kaum gesprochen. Es geht mehr darum, wahrzunehmen, Spannungen zu lösen, die Gegebenheiten anzunehmen und mit ihnen zu arbeiten. Im Shiatsu kann es zu einem tiefen, vertrauensvollen Gespräch ohne Worte kommen.